במסגרת פעילות מרכז בייקר יוזמת פרופ' פנינה קליין וגם נענית לבקשות להשתתף בפרויקטים מיוחדים בארץ ובעולם, שבהם מיושם הידע המחקרי והפרקטי בעבודה עם תינוקות, פעוטות והמבוגרים המטפלים בהם. ידע זה, המבוסס על מודל ה-MISC אותו פיתחה פרופ' קליין מיושם במסגרת הפרויקטים המיוחדים באמצעות תכניות התערבות מותאמות לתרבות שבה מתבצע כל פרויקט: תרבות מקומית אזורית בישראל או תרבות זרה בחו"ל. מטרת תכניות ההתערבות היא לקדם ולטפח אינטראקציות בין ילדים לבין המבוגרים המטפלים בהם כדי לקדם את התפתחותם הקוגניטיבית והרגשית-חברתית של הילדים ואת פוטנציאל הלמידה שלהם.
משנות ה-90 המאוחרות השתתפה פרופ' קליין בפרויקטים בישראל, בארצות אפריקה (אתיופיה, אוגנדה), בארצות אירופה (אנגליה, בלגיה, שבדיה, פינלנד) ובארצות המזרח הרחוק (סרילנקה, סינגפור).

בשנים 2000 עד 2010 התקיימו הפרויקטים הבאים :